Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico
Journal: Jurnal Biodjati (Vol.3, No. 2)Publication Date: 2018-11-30
Authors : Siti Rohimah Luluk Mukarramah Vita Sindiya Veren Yuliana S. Gita Ayu K. Mukhamad Su'udi;
Page : 157-165
Keywords : Thrixspermum; ITS; pohon filogenetik;
Abstract
Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI.
Other Latest Articles
- Uji Aktivitas Bakteriofage Litik dari Limbah Rumah Tangga Terhadap Salmonella Typhi
- Growth of Rice (Oryza sativa) Varieties: Mendawak, Inpari 34, Ciherang, and Bangir in Ciganjeng Village, Pangandaran District
- Condition of Food Sanitation and Hygiene in East Bandung, West Java
- The Effect of Seed Coating with Trichoderma sp. and Application of Bokashi Fertilizer to the Quality of Soybean (Glycine max. L) Seed
- Study of Mud Clam Polymesoda erosa (Bivalvia) Conservation Strategy Based on Landscape Character and Anthropogenic Activity
Last modified: 2019-03-30 21:57:50