SWISS-MODEL es un generador de modelos estructurales de proteínas cuyas estructuras aún no están depositadas en el PDB

En los últimos 15 años, los científicos han mejorado la habilidad para generar modelos estructurales de las proteínas, cuya estructura tridimensional (3D) se desconoce, gracias al crecimiento del número de estructuras depositadas en la base de datos Protein Data Bank (PDB). En la actualidad, uno de los métodos más usados y más rápidos para la generación de modelos estructurales es el servidor bioinformático SWISS-MODEL, creado para el modelado por homología de estructuras 3D, que comparten hasta 30% de identidad en su secuencia de aminoácidos con otras proteínas de estructura conocida. La calidad de los modelos resultantes se evalúa con varios parámetros bioquímicos (por ejemplo: QMEAN, RAMACHANDRAN plot). El modelo puede mejorarse al incluir el SWISS-MODEL en una línea de trabajo, seguido del servidor CHARMM-GUI y el programa GROMACS. Mientras el servidor CHARMM-GUI aplica al modelo producido, parámetros de un campo de fuerza para crear un sistema proteína-agua, bajo condiciones relevantes biológicamente, apto para simulación, el programa GROMACS minimiza la energía del modelo hasta alcanzar una estructura energéticamente estable, más cercana a como se encuentra en solución o en el sistema biológico. Los modelos generados por esta línea de trabajo pueden ser analizados a detalle por los biólogos estructurales en programas para visualización, como PyMOL, para obtener un mayor entendimiento del fenómeno biológico bajo estudio.